據集裝箱分公司2016年半年報顯示，公司上半年整體生產經營基本面總體平穩，實現了時間過半，任務過半。上半年完成集裝箱吞吐箱量270944.25TEU，達到年度預算的50.2%；完成營運收入7600.22萬元，達到年度預算的50.7%；實現凈利潤2247.80萬元，達到年度預算進度的64.2%。
受國際國內經濟形勢影響，2016年上半年集裝箱運輸市場持續低迷，船公司大面積虧損，與公司有業務關系的多家內貿船公司經營困難乃至關門停業，包括南通港集裝箱分公司在內的長江下游多家集裝箱碼頭公司面臨貨量嚴重不足的境況，同質競爭異常激烈。與此同時，交通部費改辦法實施后，多個服務項目按規定停收或降低費用；裝卸費率也因低價競爭影響而下調，導致營收下降。
面對方方面面嚴峻形勢和困難局面，集裝箱分公司凝全員智慧、舉全司之力，想方設法度難關，千方百計創效益。市場開發狠抓箱量項目不放松，以大宗貨源穩客戶拓市場，以“短平快”箱量保穩定促增長，以特種業務作補充增收入。公司總經理室多次帶隊走南闖北開發市場、逐家挨戶走訪客戶。依托集團，大力推進“散改集”項目，采用專人負責、延長堆存期、換單費用優惠等措施吸引貨源，成功組織了化肥、硫磺、高粱、小麥、玉米、酒糟粕等業務。上半年裝拆箱3090TEU，同比增長69%，實現收入80余萬元。長江中上游硫磺化肥物流鏈項目成果突出，上半年完成了3萬噸化肥、6000噸硫磺作業；與代理聯合攬貨機制取得較好成效，3個月來已有5家企業改港南通；由于市場低迷，為補足箱量，加大了中轉箱業務的攬貨力度，上半年中轉箱16423TEU,同比增長33%，同時，新增了兩家中轉船公司；特種作業穩中有進、穩中有為，成功組織了45000立方米模塊業務，開發了特種件新客戶和新貨源，上半年完成特種船舶36艘次，收入470萬元，同比增長53%，有效補充了集裝箱主業。
